Prieš II Pasaulinį karą šalia Vilniaus esančios gražios Panerių miško apylinkės buvo labai mėgstamos poilsiautojų.

1939 m. Lietuva, atgavusi Vilnių ir Vilniaus kraštą, buvo priversta įsileisti Raudonosios armijos įgulas, kurioms Aukštuosiuose Paneriuose pradėtos statyti kuro saugyklos ir amunicijos sandėliai. Kai 1941 m. birželio 24 d. vokiečiai užėmė Vilnių, jie atkreipė dėmesį į nebaigtą statyti skysto kuro bazę visai šalia Panerių geležinkelio stoties. Tuo metu buvo iškastos 7 duobės. Naciai nutarė jas panaudoti masinio žmonių naikinimo akcijoms.

Žydų persekiojimas Vilniuje prasidėjo jau pirmosiomis nacių okupacijos dienomis. Juos be jokios aiškios priežasties vietiniai baltaraiščiai suimdavo gatvėse, butuose ir darbovietėse. Žydus diskriminuojančių naujojo okupacinio režimo įsakymų ir nurodymų vis gausėjo.

1941 m. birželio 26 d., pagal Vilniaus miesto karo vado von Ostmano įsakymą Nr. 1, užtikrinant viešosios tvarkos palaikymą Vilniaus mieste, buvo suimta ir į Vilniaus sunkiųjų darbų kalėjimą patalpinta 60 žydų ir 20 lenkų. Žydus kaip įkaitus naciams galėjo padėti suimti Valstybės saugumo Vilniaus apygardos, kitų lietuviškų valdžios įstaigų pareigūnai. 1941 m. liepos 21 d. vokiečių pareigūnai iš kalėjimo išsivedė 60 žydų suimtųjų ir juos sušaudė Titnago g., šalia Panerių miško.

Pirmą kartą dokumentuose Vilniaus Ypatingojo būrio pavadinimas aptinkamas 1941 m. liepos 15 d. Tuomet būryje buvo apie 100 žmonių, vilkėjusių civilių drabužius. Pirmaisiais būrio organizatoriais buvo jaunesnieji leitenantai Jakubka ir Butkus. Nuo 1941 m. liepos 23 d. būriui vadovauti pradėjo karininkas Juozas Šidlauskas. Būrio nariams buvo išduoti rusiški šautuvai ir balti raiščiai. 1941 m. lapkričio mėnesį vietoj J. Šidlausko vadovauti būriui paskirtas leitenantas Balys Norvaiša, o jo pavaduotoju tapo Balys Lukošius. Tuo laikotarpiu būrio narių skaičius buvo sumažintas ir svyravo tarp 40-ies ir 50-ies. Daugumą narių sudarė lietuviai, tačiau buvo ir keli rusai bei lenkai. Ypatingasis būrys buvo pavaldus tik vokiečių saugumo policijai ir vykdė pastarosios pareigūnų nurodymus. Ilgiausiai Ypatingąjį būrį šefavo SS hauptšarfiureris Martinas Weissas. Jis ne tik komanduodavo per šaudymus Paneriuose, bet ir pats dažnai pistoleto šūviais pribaigdavo sužeistas aukas.

Daugiausia žmonių Ypatingasis būrys sušaudė 1941 metais. Vien per liepos mėnesį buvo sušaudyta apie 5000, rugpjūtį – apie 2000 žmonių. Iki 1941 m. pabaigos Paneriuose, pagal SS Standartenfiurerio Karlo Jägerio raportą, buvo sušaudyta mažiausiai 21 000 žydų.

Nuo 1942 m. žydai iš Vilniaus geto Paneriuose buvo naikinami nedidelėmis grupėmis. 1943 m. balandžio mėnesį, likviduojant mažuosius getus Vilniaus apskrityje, Paneriuose buvo sušaudyta apie 7500 žydų, rugsėjo 23 d. likvidavus Vilniaus getą – sušaudyta keli šimtai senelių ir ligonių. Nuo 1943 m. rugsėjo pabaigos iki lapkričio pradžios Paneriuose sušaudyta iki 1000 (tikslus skaičius nėra žinomas) buvusių Vilniaus geto kalinių, bandžiusių pabėgti iš Vilniaus geto teritorijos. Dar apie 2000–2300 žydų, likviduotų „Kailio“ ir „HKP“ darbo stovyklų kalinių, buvo sušaudyta 1944 m. liepos 2–3 d.

Prieš traukdamiesi iš Lietuvos, naciai ėmė skubiai likviduoti savo nusikaltimų pėdsakus. Speciali kalinių brigada, sudaryta iš Vilniaus geto kalinių ir karo belaisvių, turėjo ekshumuoti lavonus ir juos deginti. Dvylika degintojų (iš 80) 1944 m. balandžio 15 d., per du su puse mėnesio išsikasę požeminį tunelį, pabėgo. Vienuolikai pavyko pasiekti sovietinius partizanus.

Fotografijos iš VVGŽM fondų
Fotografijos iš Jad Vašem fondų