1996 m. lapkričio 16 d. Jungtinių Tautų švietimo, mokslo ir kultūros organizacija UNESCO paskelbė atmintina – Tarptautine Tolerancijos diena. Deklaracija teigia: „Tolerancija – tai vertybė, kurios dėka vyrauja taika”. 2001 metais Tolerancijos centru buvo pavadintas Vilniaus Gaono žydų istorijos muziejaus padalinys, suteikiant jam ne tik ekspozicinės veiklos, bet ir pilietiškumo, gebėjimo suprasti kitus, minties laisvės ugdymo, visuomenės švietimo funkcijas, išlaikant atmintyje istorinį faktą, kad mūsų šalyje didžiausias netolerancijos pavyzdys buvo žydų tautos naikinimas. Kasmet minėdami Tarptautinę Tolerancijos dieną į pilietiškumo veiklas esame įtraukę skirtingo amžiaus, išsilavinimo ar tautybės asmenis: pvz:. 2011 m. organizuota istorinė konferencija „Tolerancija ir Totalitarizmas. Laisvės išbandymai", skirta rezistencinės Helsinkio grupės veiklai, 2012 m. - muzikinis Lietuvos moksleivių konkursas „Himnui Tolerancijai" sukurti, 2013 m. Tolerancijos centre viešėjo Abraomo Suckeverio vaikaitė Izraelio aktorė Hadas Kalderon, atlikusi meninę programą, skirtą A. Suckeverio 100-mečiui paminėti. 2017 m., būtent minint Tarptautinę Tolerancijos dieną, duris atvėrė Samuelio Bako – išgelbėto Antrojo pasaulinio karo metais vaiko – muziejus, dailininko kūrinių dėka liudijantis skaudžius istorinius procesus, ir tuo pačiu kalbantis apie universalias žmogiškąsias vertybes. Nuolatinėse ir laikinose Tolerancijos centro ekspozicijose pristatomas unikalus litvakų meninis ir istorinis paveldas, čia vysktantys edukaciniai užsiėmimai skatina empatiją įvairių kultūrų tradicijų sklaidai, pagarbą pilietiškumui.
